区别就是暗通款曲是成语，暗通曲款不是成语，没有意义。
暗通款曲，暗通：私下联通。款曲：殷勤。 为了隐瞒别人，私下里进行沟通或接触。内容有贬义。
【出处】古本焚椒录（作者为辽人王鼎）。
“如是者，叁管齐下！终使可汗见疑猜忌，以萧后与赵暗通款曲，遂成冤狱而殒殁！”
引申
偷来暗去、偷偷摸摸、隐密隐藏、不让人知道的意思。
暗通款曲(较偏向***)
暗通款曲和暗通曲款是两个不同的词语，它们的意思和用法也有所不同。
1. 暗通款曲（àn tōng kuǎn qū）：这个词语中的“暗通”指的是秘密传递或私下交流的意思，“款曲”则是指曲谱或音乐乐曲。因此，暗通款曲表示秘密传递乐谱或音乐的行为，通常用于形容秘密交流或暗中传递信息的方式。
2. 暗通曲款（àn tōng qǔ kuǎn）：这个词语中的“暗通”仍然指的是秘密传递或私下交流的意思，“曲款”则是指曲谱的款式或风格。
