太庙里的明朝老祖宗被移到了历代帝王庙中。
太庙是古代皇帝祭祀祖先的地方。
清朝迁都北京后继续沿用明朝的宫殿，将清朝祖先牌位随同顺治帝一同到了北京入太庙进行祭祀。
而此时的明朝皇帝牌位放在里面已经不太合适了。
历代帝王庙是明朝的发明，用于祭祀中国历史的贤君明主。
在明朝时入选的标准极为苛刻，从上古三代开始到明朝之前总共只有十六位皇帝入选进历代皇帝庙。即使是千古一帝秦始皇也没能够入庙进行供奉。
清军入关以“吊民伐罪”、“为明朝复仇”为口号，将自己入关说成是“承明”而不是“灭明”，因此清朝对明朝皇帝多有尊奉，不仅派人明朝皇帝陵寝，也经常进行祭拜。以此来缓和清军入关后民众的抵触心理。
清朝皇帝在占用明朝太庙后，同样的清朝不可能将明朝皇帝的神主一丢了之。
而历代帝王是个不错的选择，其里面供奉的都是中国历史有贤名的君王，将明朝皇帝打包进去，即为自己的祖先腾了位置，也让别人挑不出什么错。
因此清朝迁都北京后就分两次将明朝皇帝的神位迁到历代皇帝庙中进行供奉。
需要说明的是
清朝入关之后，为表示其正统地位。按照乾隆的话说是“中华统绪，绝不断线”。能够入祀历代帝王庙的皇帝越来越多，最后在乾隆时期达到顶峰共有188位皇帝进入庙中供奉。
太庙，是皇帝的家庙，是封建王朝皇帝祭祀自己先人的地方。
太庙在不同时代有不同的称呼，夏朝的时候被称为"世室"；商朝时称"重屋"；到了周朝则被称之为"明堂"，自秦汉起，在被称为"太庙"，以后历朝都沿用了这个名字。
明朝原来的首都是南京，明永乐十九年（1421年），因靖难之役登上皇位的明成祖朱棣，正式将首都迁至北京；作为明朝皇帝家庙的太庙，也随之从南京迁到了北京。
此后直到明朝灭亡，北京一直是大明国都，时间长达二百二十多年。成祖和其之后的十四代皇帝，都在此登基，也在此去世，死后也都进了太庙享受祭祀。在太庙接受供奉的，除了明太祖朱元璋和明朝历代皇帝，朱元璋的四代祖先（追赠为德祖、懿祖、熙祖、仁祖），也都拥有一牌之地。
明崇祯十七年（1644年）4月25日，李自成的大顺军攻破北京城，头一天崇祯来到煤山自尽，统治了中国276年的大一统的明朝宣告灭亡。
42天后李自成撤离北京，摄政王多尔衮率领清兵进京，同年9月顺治帝也来到紫禁城，坐上龙椅，开始了对中国200多年的统治。
顺治皇帝登基之后，随即就将自己的前辈清太祖努尔哈赤、清太宗皇太极的牌位，以及清太祖追赠的四代祖先（肇祖、兴祖、景祖、显祖）牌位自盛京（沈阳）原清室太庙迁到了北京的太庙。
天无二日民无二主，国家也不能有两座太庙。
清朝定都北京，就成为北京的新主人，明朝太庙就变成了清朝的，里面供奉的皇帝以及他们的先人，自然要被请出去。
其实顺治进京的时候，天下大局未定，李自成、张献忠的部队和南明小朝廷的军队还占据着半壁江山。
我是水煮汗青，我来回答。
清军入关后，他们没有重新建造宫殿和太庙，而是继续使用明朝留下的紫禁城和太庙。原来供奉在太庙的明朝皇帝牌位，被多尔衮移到了西城阜成门外的历代帝王庙。
清朝在中原建立***后，不仅保留了明朝原太庙皇帝的牌位，还对明十三陵加以保护，这样的举动在历史上看来都是非常罕见的，其原因也比较复杂。
关于这个问题，我们听一些评书作品也经常可以听到。比如《君臣斗》里有一个章节，说到刘庸使坏要参乾隆，要列举乾隆罪证的时候，就是因为他动了明陵里面的木头，所以有了“偷坟掘墓”的罪名。
当时刘庸是这样解释的：“明朝末帝崇祯有道无福，老祖宗进关后建立大清，封朱明后代为公爵并负责看守明十三陵，他们是看明朝朱家的坟，吃清朝的俸禄。”因此，乾隆动了明陵的木头也是有罪。
评书作品的内容不一定都是真实，但历史上清朝对待明陵的态度确实如此。因为清军入关的时候，崇祯已经在煤山上吊，李自成建立了大顺王朝，而清军入关的口号也是“清除闯贼，替明报仇”，这就等于清朝是从李自成手里夺过来的江山。
清朝***建立以后，虽然清***一直强调自己是“承明”，也对太庙、明陵进行了保护，但民间反清的气氛还是很浓。所以一直到康熙时期，清***对明朝的态度依然是很和善的，康熙六次南巡都要到南京祭拜明孝陵，表示对朱元璋的尊重，还留下了“治隆唐宋”的墨宝，称赞朱元璋治理国家的功绩超过唐宋！
清朝与明朝的关系，不是纯粹的前朝后朝的关系，按照清朝统治者所说的，是李闯李自成率军进京逼死了大明的崇祯皇帝，应吴三桂的请求，摄政王多尔衮这才率军入关，而且当时南明小朝廷对此事的反应竟然是一片欢欣鼓舞，竟然还觉得吴三桂的驱虎吞狼之计非常之好，连史可法当时都是这么认为的，可见那时候文人的脑洞多么奇葩。
清军进驻北京之后，将明朝皇帝的神位请到了偏殿之中的历朝皇帝神位之中去了，而且顺治还跑到崇祯的陵前哭了几声“皇兄”，后来康熙下江南还去南京祭拜了明太祖的孝陵，并且留下了治隆唐宋的碑刻。
当然凡事必有其因，毕竟中原的***太多了，而满族想要统治广大的中原地区，不团结***地主官僚是不可能的，所以他们都尽量弱化满族是异族的概念，尽量让汉族的地主士大夫接受清代明只不过是正常的朝代更替而已。
所以清朝皇帝在对待明朝皇帝神位的做法犹如历朝更替时一样，古往今来，也只有元朝时期得到官方许可的杨琏真迦挖掘了南宋皇陵，并且将宋理宗的头颅做成了饮酒器嘎巴拉碗，也正是这种野兽行径激起了汉族人的反抗决心，最后朱元璋北伐成功建立明朝，所以清朝为了江山更稳固的统治，***取了比元朝更柔和的手段也是正常的。
“太庙”是古代皇帝祭祀先祖的地方，也可以说是皇帝的“家庙”，最初里面只供奉皇帝的先祖，后来皇后和功臣也获得了被供奉于太庙的荣誉，即“配享太庙”。
太庙制度早在夏朝时代就已经出现了，不过那时候祭祀先祖的地方还不叫“太庙”，太庙这个名称是西汉时期才正式确定下来的。
而从某种意义上讲，“太庙”更是一个王朝兴衰的见证，太庙在则江山在，太庙亡则江山失，所以基于此种祭祀观念，当新王朝取代旧王朝时，新王朝的统治者就往往面临一个非常尴尬棘手的问题，即“该如何处理前朝的太庙”。
可能有的朋友会说，既然是前朝太庙，那就直接毁掉好了，可是如果直接毁掉，那新朝统治者将会面临其他一系列问题，最大的问题就是该如何收取天下人之心？要知道新朝初立，所面对的都是前朝遗民，只要前朝不是特别的残暴，总会有大批遗民对前朝念念不忘，所以，如果随意毁掉前朝太庙，则天下人心不服，新朝刚建立起来的统治威信也会荡然无存。
所以，前朝太庙不能毁，而纵观我国历代王朝，也会发现，如果和前朝没有血海深仇的，新朝大多没有损毁太庙，***如前朝太庙不幸在战火中损坏了，新朝还会对其进行修缮重建或选址令建，但是有一个非常重要的问题就是，新朝建立后，前朝的太庙规模一定会有所缩减，毕竟前朝已经覆灭，若再以皇帝之礼祭祀，也说不过去，而这个问题就要牵扯到古代礼法制度之“二王三恪”制了。
“二王三恪”制的大体意思就是，新朝取代前朝后，新朝君王为了彰显新朝之正统地位，会给予前朝皇族后裔一定的爵位，一般情况下都会是王爵或者公爵，对应不同的爵位还有相应的封邑。如果封前两代王朝的皇族后裔，则称之为“二王后”，若封前三代王朝的皇族后裔在，则称之为“三恪”。
例如，唐朝武德元年，封隋恭帝杨侑为酅国公，封北周后裔为介国公，此即为二王后。而后梁立国后，则封唐宗室李嵸为莱国公，与隋朝后裔酅国公杨仁矩为二王后，而加上后周宇文氏子孙介国公则为三恪。
那么在了解了“二王三恪”后，我们就要解决最主要的问题了，即新朝如何具体处理前朝太庙。
前面说过，新朝通常情况下是不会毁掉前朝太庙的，但是基于“二王三恪”之礼，前朝太庙的规模一定会缩减，《周礼》对宗庙有一个非常严格的限定，即天子立七庙，诸侯立五庙，大夫立三庙，士立一庙，庶人无庙，以此区分亲疏贵贱。
不过实际上各朝代对于太庙庙数也有不同的规定，因此，《周礼》的规定只是告诉大家一个事实，即古代上至皇族下至地方士族，祭祀先祖的庙数是有严格规定的，不可逾制，否则就是杀头，诛族的大罪。
